Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События данного аниме разворачиваются непосредственно после завершения строительства космического подъемника "Эндимион" в Академии-Городе. Главный герой нашей истории, Тома Камидзё, вместе со своей подругой Индекс, случайно встречают Арису Мэйго - эспера нулевого уровня. Но не все так просто, ведь по неизвестным причинам "Ассоциация магов" преследует Арису и нападает на Академию-Город. Для защиты своего города от неизвестной угрозы формируется движение сопротивления, во главе которого стоит загадочная Шатаура Секвенция.

Вскоре нашим героям становится известно от Стэйла Магнуса, что их новую знакомую, Арису, могут использовать как марионетку для развязывания войны между миром магии и миром науки. Теперь им придется принять сложные решения и сделать все возможное, чтобы защитить свою подругу и предотвратить катастрофу, которая может перевернуть их мир с ног на голову. Впереди их ждут трудности, опасности и непредсказуемые повороты событий, но они готовы пойти до конца и бороться за свои идеалы и дружбу.