Кудо Шиничи, однако, необычный старшеклассник. Он не просто умный и находчивый, но и знаменитый детектив с нескончаемым жаждой раскрытия загадок и тайн. Однажды, во время его прогулки в парке аттракционов, он замечает странную группу людей, одетых в мрачные наряды и с неясными намерениями. Шиничи решает выяснить, что скрывается за их загадочной деятельностью, и начинает тайно следить за ними. Однако, глубоко погруженный в исследование подозрительных сделок, он не замечает того, как к нему подкрадывается загадочный незнакомец, одетый в черное.
Злодей наносит Шиничи ошеломляющую атаку и заставляет его принять странный наркотик, который вызывает драматические физические изменения. Теперь Шиничи обретает новую личность и уменьшается до размеров ребенка. Вскоре он понимает, что его единственная цель - скрываться в новом облике и раскрыть тайны загадочных людей в черном, а также найти способ вернуться к своему обычному состоянию. В ходе этого захватывающего путешествия он сталкивается с множеством увлекательных детективных головоломок и раскрывает разнообразные преступления. Особенно важный момент происходит в пятой части фильма, когда Шиничи оказывается в Нишитаме, где перед ним открывается величественная гора Фудзи и он сталкивается с загадочной и опасной черной организацией.