Действие аниме "Кланнад" разворачивается в маленьком японском городке, где расположена старшая школа на холме. Главный герой Окадзаки Томоя, ученик третьего класса, не особо увлекается учебой и вызывает смешанные чувства у своих одноклассников, которые всецело преданы подготовке к экзаменам. За исключением своего лучшего друга Ёхэя Сунохара, Томоя не имеет особо много друзей. Однако, его мир переворачивается с ног на голову, когда он знакомится с Нагисой Фурукавой - одинокой девушкой, оставшейся без компании из-за окончания ее бывших одноклассников. Неожиданно для себя, Томоя решает помочь Нагисе и тем самым начинает свое необычное путешествие.
По мере развития сюжета, Томоя встречает еще несколько девушек в своей школе. Вначале он не обращает на них особого внимания, но постепенно открывает свое сердце и начинает заботиться о них. Каждая из этих девушек имеет свою историю и свои проблемы, которые Томоя старается помочь им преодолеть. Вместе они испытывают радость, горе, дружбу и любовь, раскрывая свои истинные чувства и находя свое место в этом мире, полном жизненных испытаний и неожиданностей.