За двадцать лет до начала истории, астероид Танатос направлялся на Землю, но его путь перекрестился с Плутоном и привел к его разрушению. Хотя столкновение с Плутоном остановило астероид, угроза для Земли осталась актуальной. Чтобы предотвратить разрушение планеты, Международное агентство изучения солнечной системы (МАИСС) разработало проект «Д» и, обнаружив яйцо дракона в глубинах океана, создало «Драгонавта». Главная цель этого оружия - уничтожить Танатос. Однако пилоты и ученые вскоре узнают, что астероид - не единственная угроза, и Землю начинают заполнять неизвестные существа.
В это трудное время юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства, совершенного одним из этих существ. Когда он сам оказывается на грани смерти, его спасает загадочная девушка по имени Тоа. Она обладает особыми способностями и считается последним человеком-драконом. Заинтригованный ее тайнами, Дзин присоединяется к организации МАИСС и вступает в борьбу против неизвестных существ, чтобы спасти Землю. В процессе своего пути он сталкивается с опасностью, тайнами прошлого и собственными силами, которые постепенно пробуждаются внутри него. Эта эпическая история о дружбе, смелости и самопознании откроет Дзину и его союзникам истинное предназначение и поможет им встать на защиту всего человечества.