Мега-корпорация «Дедал Групп» подверглась нападению террористической организации под названием "Дух Икара". Эта группа активистов решила осуществить свою миссию и нанести удар по системе, которая, по их мнению, поработила человечество. В результате взрыва, Блэк Джек, известный искусный хирург, оказывается вовлеченным в события, которые изменят его жизнь навсегда.
Во время лечения пострадавших, Блэк Джек встречает доктора Кирико, известного как "Воплощение Смерти". Этот загадочный и безжалостный доктор предлагает своим пациентам не спасение, а безболезненную смерть. Вопреки своей непривлекательной философии о смерти, Кирико вмешивается в жизнь Блэк Джека, предлагая ему сотрудничество с группой активистов. Теперь Блэк Джек оказывается на перекрестке жизни, смерти и предательства, где ему приходится сделать невероятные выборы, чтобы спасти своих пациентов и предотвратить начало биологической войны, которая может уничтожить всю человечность.