Лиричная волшебница Наноха

История рассказывает о Нанохе Такамачи, 9-летней школьнице, которая ведет обычную жизнь вместе со своей семьей. Однако все меняется, когда она спасает раненого говорящего горностая по имени Юно Скрая. Оказывается, Юно - маг из параллельной вселенной, и он прибыл на Землю, чтобы собрать древние и опасные артефакты, известные как "Драгоценные Семена".

Драгоценные Семена обладают сверхъестественными силами и могут превращать живые существа в монстров. Раненый Юно доверяет Нанохе задачу сбора Семян, и дарует ей волшебную палочку под названием "Восходящее Сердце". Они начинают сражаться с монстрами и искать Семена, но они не единственные, кто охотится за этими артефактами...