Последняя фантазия: Духи внутри

События в этом аниме разворачиваются в недалеком будущем, после падения на Землю загадочного метеорита. Планета охвачена странными смертями, и вскоре становится ясно, что за всем этим стоят "Фантомы" - существа, пришедшие с родной планеты, которая была уничтожена и чей осколок попал на Землю. Люди, касающиеся этих Фантомов, погибают, но существуют города и поселения, окруженные энергетическими барьерами, которые способны противостоять им. Здесь отважные ученые и военные сражаются за выживание человечества.

В центре сюжета находятся Аки Росс, ученая, доктор Сид и капитан техноспецназа Эдвардс. Их решительные действия и расследования противостоят остальным, поскольку появляется разногласие в способах ликвидации Фантомов и победы в войне. Весь аниме наполнен напряжением и борьбой, где судьба мира лежит в руках этой горстки смельчаков.