Долгая и исступленная война между человечеством и расой разумных машин, известных как "механоиды", наконец-то пришла к концу. После того, как механоиды расширили свою власть по вселенной и почти полностью захватили Землю, обе стороны вынуждены были принять перемирие, хотя и с большим сопротивлением. Зеро, бывший адмирал флота человечества во Великой Галактической войне, теперь служит капитаном буксирного судна. Все свои близких он потерял во время войны, но он по-прежнему отстаивает Землю с верностью и преданностью.
Однажды, в ходе выполнения задания на буксирном судне, Зеро становится жертвой нападения неизвестного пиратского корабля, известного как "Тень смерти". Он сражается с ним, но, к несчастью, проигрывает. Впоследствии командование поручает Зеро миссию: поймать легендарного пирата капитана Харлока, который славится своим ужасом по всей Галактике и оказался тем самым нападающим. Теперь, под знаменем Независимого Флота, Зеро, его бывший боевой линкор "Кария" и команда, состоящая из людей и механоидов, должны отправиться в путешествие по вселенной, чтобы найти следы этого легендарного пирата.