Действие этого аниме разворачивается в захватывающем фантастическом мире, вдохновленном феодальной Японией. Здесь существует множество маленьких государств, которыми управляют могущественные дайме - феодалы, обладающие властью и влиянием на общество. В каждом из этих государств находится скрытая деревня, где обитают ниндзя - искусные бойцы и стражи порядка. Важнейшую роль в деревнях играет Кагэ - высший руководитель, определяющий роль и задачи каждого ниндзя. Благодаря своим способностям и силе, ниндзя выполняют важные миссии и защищают население, что позволяет им получать щедрую оплату от влиятельных правителей.
Все начинается двенадцать лет назад, когда одну из скрытых деревень атакует демонический лис. Никто не смог справиться с его мощью, и глава деревни принимает решение пожертвовать собственной жизнью, чтобы спасти своих жителей. Он запечатывает демона в теле своего новорожденного ребенка, который становится неоспоримым хранилищем этой непокорной силы. Таким образом, Наруто становится изгоем в своей деревне, несмотря на то, что его отец надеялся, что люди будут уважать и почитать его сына как героя. Вместо этого, парню придется доказать свою ценность и достоинства через свои поступки и подвиги.